Иако је од својих почетака Клуб радио са млађим категоријама, Школа фудбала ФК Лакташи као организована цјелина дјелује од 2004. године, када под патронатом бившег играча Лакташа и тренера Зорана Црнића први пут почиње системски рад са младим играчима по утврђеном плану и програму.

Такав приступ дао је резултат у наредним годинама, када најмлађе селекције клуба редовно учествују на турнирима у државама бивше Југославије и средње Европе, гдје биљеже добре резултате.

У периоду од 2007-2010. године кадетска и јуниорска селекција такмичиле су се у Премијер лиги БиХ, упоредо са сениорима, док је у сезони 2011/12. јуниорска селекција освојила Омладинску лигу БиХ-група Запад, што је и највећи успјех једне омладинске селекције у клубу.

Школа фудбала тренутно броји око 100 дјечака, који су груписани у такмичарске селекције кадета и пионира, предпионире као и узрасте дјечака до 10 и до 8 година. Јуниорска селекција је 2015. године престала са радом и тренутно је у току реорганизација и упис нових чланова.

Пионири и кадети се такмиче у Омладинској квалитетној лиги Градишка-Приједор, коју су већ освајали у два наврата. Остале селекције су редован учесник турнира у окружењу.

Са младим играчима раде три тренера и један тренер голмана. Тренинзи се одржавају на Градском стадиону у Лакташима и у балону Мотела Кеј у Клашницама.