Iako je od svojih početaka Klub radio sa mlađim kategorijama, Škola fudbala FK Laktaši kao organizovana cjelina djeluje od 2004. godine, kada pod patronatom bivšeg igrača Laktaša i trenera Zorana Crnića prvi put počinje sistemski rad sa mladim igračima po utvrđenom planu i programu.

Takav pristup dao je rezultat u narednim godinama, kada najmlađe selekcije kluba redovno učestvuju na turnirima u državama bivše Jugoslavije i srednje Evrope, gdje bilježe dobre rezultate.

U periodu od 2007-2010. godine kadetska i juniorska selekcija takmičile su se u Premijer ligi BiH, uporedo sa seniorima, dok je u sezoni 2011/12. juniorska selekcija osvojila Omladinsku ligu BiH-grupa Zapad, što je i najveći uspjeh jedne omladinske selekcije u klubu.

Škola fudbala trenutno broji oko 100 dječaka, koji su grupisani u takmičarske selekcije kadeta i pionira, predpionire kao i uzraste dječaka do 10 i do 8 godina. Juniorska selekcija je 2015. godine prestala sa radom i trenutno je u toku reorganizacija i upis novih članova.

Pioniri i kadeti se takmiče u Omladinskoj kvalitetnoj ligi Gradiška-Prijedor, koju su već osvajali u dva navrata. Ostale selekcije su redovan učesnik turnira u okruženju.

Sa mladim igračima rade tri trenera i jedan trener golmana. Treninzi se održavaju na Gradskom stadionu u Laktašima i u balonu Motela Kej u Klašnicama.